1831. december 27-én bontott vitorlát az alig 27 méter hosszú Beagle, hogy aztán (a tervezett két évnyi kutatóút helyett) majdnem öt év után hazaérve átalakítsa a tudományos életet.

Néhány hónappal korábban, 1831. augusztus 29-én Adam Sedgwick geológus egy levelet kapott, amely egy világ körüli tudományos utat ajánlott a figyelmébe. Az út kitalálója az a Francis Beaufort kapitány volt, akiről az általa kifejlesztett szélerősség-skálát is elnevezték még 1805-ben.

Erre az útra készítették fel a Beagle-t, amelyet Robert FitzRoy kapitány vezetett, - aki egyébként II. Károly leszármazottja volt - s igen ügyes, intelligens tisztnek tűnt.

Az útra egy fiatal és agilis tudóst kerestek, így került szóba Charles Darwin neve, aki Sedgwick fiatal kutatókból álló csoportjába tartozott. Mindez éppen kapóra jött Darwinnak, mert nem sokkal korábban olvasta el Alexander Von Humboldt egy beszámolóját és éppen a Kanári-szigetekre készült.

A HMS Beagle-t 1820. május 11-én bocsátották vízre a Temzén és 1826-30 között már megtett egy komolyabb utat, amelyet Dél-Amerika felfedezésével töltött.

A közel 242 tonnás hajó 65 fős legénységgel és 9 fő legénységhez nem tartozó személlyel indult útnak. A hajót felszerelték minden olyan eszközzel, amely az úton fontos lehetett, így többek között a hajók között elsőként szerelték fel villámhárítóval, de magukkal vittek 22 kronométert, öt higanymentes barométert és sok más egyéb eszközt is. A kapitány a hajóágyúkat is szerette volna sárgarézre cserélni, hogy a navigációs műszereket ne zavarja a sok vas, de az Admiralitás ezt a kérést elutasította - ez persze nem akadályozta meg FitzRoyt, hogy később saját forrásból (de már Rio de Janeiroban) mégis lecserélje őket.

Darwin ezzel az úttal alapozta meg a későbbi hírnevét, de nem sokon múlott, hogy kimaradjon a névsorból. Amikor Segdwick felajánlotta neki a helyet, nagyon örült, de a hely önköltséges volt, vagyis anyagi ráfordítással járt. Az apja pedig nem tartotta helyes döntésnek az utat, időpocsékolásnak tartotta, de végül is nagybátyja anyagi támogatása miatt engedett - így Charles Darwin mégis utazhatott. Az a Josiah Wedgwood segítette ki, akinek a legfiatalabb lányát 1839-ben Charles feleségül vette. Persze Emma egy nagyon bájos, nagyon okos és nagyon rendetlen lány volt, aki tíz gyermeket szült Charlesnak, akikből hárman a Royal Society tagjai lettek - vagyis valamit tudhattak.

Igaz Emmának egykor Chopin (is) adott zongoraleckéket, hogy aztán ő maga IV. György király előtt is játszhasson.
A hajó eredetileg október 24-én indult volna, de az előkészületek elhúzódása miatt majdnem két hónapnyi csúszással indultak. Azért majdnem, mert tulajdonképpen december 10-én elindultak Devonportból, de a rossz idő miatt alig néhány mérföld után megálltak a Barn Poolnál, a Plymouth Sound nyugati oldalán.

Darwin rengeteg feljegyzést írt a hajón, s amíg a hajó a partvonalat fedezte fel, ő a parton próbálkozott geológiai kutatásokat és természetföldrajzi megfigyeléseket végezni.

A majdnem öt év alatt rengeteg olyan megfigyelést tett, amelyek megalapozták a két évtizeddel később megjelent A fajok eredete című művében leírtakat. 

djp